Como máxima autoridad, la Asamblea General de Asociados Numerarios sesiona de manera ordinaria y extraordinaria a convocatoria del presidente de la Junta de Gobierno, también denominado presidente de El Colegio de Jalisco.

Entre sus principales funciones se encuentran designar al presidente de la Junta de Gobierno y a sus integrantes; examinar la gestión administrativa y económica de la Asociación; vigilar el cumplimiento de sus objetivos fundacionales; y, aprobar los documentos relativos a la vida interna de El Colegio.

Actualmente tienen el carácter de Asociado Numerario los siguientes entes gubernamentales e instituciones educativas: